CICLOCKⅡで暗号化したデータはどのようなメディアにも格納ができて、データ交換に利用できますか？

暗号化されたファイルもＯＳから見れば通常のファイルと変わらないため、ファイルを格納できるメディアであればどのようなメディアでも基本的には利用可能です。

ただし暗号化後のデータは可変長形式のレコードになっていることもあるため、データ交換で使用する場合は注意が必要です。
一般的には固定長圧縮機能を使用して暗号化後のレコードを固定長形式にすることをお勧めします。